Clunia en tiempos de Diocleciano y Constantino
Clunia experimenta durante el siglo IV una recuperación. Comienza a notarse con Diocleciano y es ya evidente durante el reinado de Constantino.
Se reocupan algunas casas, como la casa nº 3 que proporciona algunos niveles cerámicos del siglo IV. La casa nº 1 presenta una última modificación de algunas habitaciones decoradas con pinturas murales, estucos y mosaicos, fechados en el siglo IV, época de Constantino.
Pero Clunia, a partir del siglo IV, ya no recuperó el nivel de población anterior por no desempeñar ya funciones administrativas y por el éxodo rural atraído por el apogeo de algunas villas próximas, como Baños de Valdearados y Ciella. Ello explica que ya estuvieran abandonados el teatro y las termas. Las termas de los Arcos I siguen utilizándose, pero su función de baños ha desaparecido ya. Algunas habitaciones [frigidarios y caldario] presentan un nivel superpuesto de mosaico con restos de incendio y destrucción. Este nivel mencionado se utilizó como vivienda o lugar de trabajo, donde se fabricaba cerámica.
Sobre la red viaria del siglo IV se sabe poco, pero la proliferación de las villas en este siglo hacer suponer que se atendiera adecuadamente su mantenimiento.
La circulación monetaria en Clunia en el primer tercio del siglo IV es muy pobre. Esto contrasta con la recuperación de algunos lugares de habitación y con la elaboración en algunos de ellos de espléndidos mosaicos. Entre el 378 y 406, Clunia va a ser una de las pocas ciudades de Hispania en las que se aprecia un incremento de circulación monetaria. A comienzos del V se advierte ya el definitivo corte de circulación monetaria.
Auge de las villas romanas en la Meseta Norte
Un fenómeno importante del siglo IV es la aparición de gran número de villas romanas en la Meseta Norte. 
Eran centros de explotación agropecuaria en medio de una gran propiedad. Estas villas cambiaron la fisonomía de la Meseta Norte tanto o más que las ciudades. Algunas son los precedentes de los monasterios medievales, pues muchos de ellos se asentaron sobre las ruinas de antiguos señoríos tardorromanos.
Las villas se concibieron como un negocio en el que primaban tres productos: el trigo, la vid y el olivo. Algunas también explotaban la ganadería. Eran explotaciones autosuficientes, también atendían la fabricación de cerámica, fundición de metales, producción de alimentos, textiles, etc. Algunos autores como Sidonio Apolinar, Columela, Varrón o Ausonio nos hablan de ellas como una mansión en el campo magníficamente decorada y con todos los lujos y comodidades, además de como una explotación rural en el marco de una gran propiedad. Suscitó la curiosidad de muchos agrónomos quienes han dejado escritos en los que aconsejan sobre las condiciones optimas para su fundación: evitar zonas lacustres, que el suelo sea fértil, que estén próximas a un cauce fluvial y que estuviera bien comunicada con una ciudad para tener buena salida para sus productos.
La domus o mansión del señor era la construcción más importante de las villas. En casi todas, como es el caso de la villa de Baños de Valdearados y la de Ciella, en torno a un peristilo central o patio con columnas se distribuían las estancias de habitación. También suelen tener un patio y un estanque central amplios y lujosos. Su disposición dependía de los moradores, pero normalmente todas tenían un triclinium o comedor; una sala de recepción conocida como oecus; algunas disponían de termas; habitaciones menores; almacenes; etc. El triclinium y oecus eran realzados con espléndidos mosaicos.
En el 298 se creó la nueva provincia Carthaginensis
A finales del siglo III, tras las épocas de anarquía y guerras civiles, el emperador Diocleciano comprendió que no era posible mantener la cohesión de un imperio tan vasto y determinó dividirlo en dos : el de Occidente y el de Oriente. Diocleciano quedó a cargo del Imperio Romano de Occidente, y cedió el Imperio Romano de Oriente a Maximiano. Fue en el 298. 
Además creó una nueva división administrativa para todo el imperio. Lo dividió en 12 diócesis, más tarde agrupadas por Constantino en cuatro prefecturas. Hispania fue una de las 12 diócesis, con capital en Augusta Emérita, y con Constantino fue integrada en la prefectura de las Galias. A su vez la diócesis de Hispania sufrió una reestructuración: la Baetica y la Lusitania permanecieron igual, pero de la Tarraconensis de desgajaron la Gallaecia y la Carthaginensis. Además, la diócesis de Hispania incorporó la Mauretania Tingitana. A finales del siglo IV se creó la provincia Balaearica.
Clunia quedó englobada en la Carthaginensis, muy alejada de su capital Carthago Nova.
Resurgimiento de la vida ciudadana en Clunia
A finales del siglo III y principios del IV, se rehace la economía y la vida ciudadana en Clunia. Se recuperan edificios y espacios, pero tendrán ya una función distinta. Hay cambios muy destacados en la administración. Diocleciano divide Hispania en 6 provincias gobernadas por presides de rango ecuestre. Los Conventos Jurídicos han desaparecido y Clunia ha pasado a formar parte de la Carthaginensis.
Las invasiones germánicas. Visigodos
Los edificios más próximos al Foro ya se han abandonado a fines del siglo III y durante el IV no hay signos de reocupación.
Y a finales del siglo IV y principios del V se convierte en una necrópolis cristiana. Se han hallado una veintena de tumbas. Alguna con ajuar de la época visigótica.
Es probable que al lado existiera un templo. En la casa nº 3 se ha encontrado un recipiente con mosaico de aspecto bautismal.
Clunia no fue una ciudad visigoda. No tuvo peso específico alguno en el reino godo de Toledo. No fue ceca monetaria, ni albergó obispado, asentado en la vecina Uxama. Son muy escasos los hallazgos cristianos: un gran vidrio, un anillo con crismón, una venera en piedra y la necrópolis hallada junto al foro. La vieja ciudad romana, poblada en el siglo I básicamente por itálicos sobre un fuerte sustrato indígena, en la época visigoda Clunia está prácticamente despoblada.
Dominio musulmán
El mundo musulmán pasa repetidamente por ella, quizá con la esperanza de encontrar una gran ciudad, pero siempre la ocuparon sin apenas resistencia. La fuentes árabes mencionan su destrucción por Tarik, cuando éste se dirigía ahacia Amaya.
Repoblación
Fue rescatada y repoblada en el 912 por el conde de Castilla Gonzalo Fernández, según cuentan los Anales Complutenses. Fue entonces cuando se fundó la nueva fortaleza de Clunia, en un alto al sur de la ciudad primitiva, en el actual emplazamiento de Coruña del Conde. Sufrió dos razzias musulmanas. Una en el 920, por abderramán III, que la encontró abandonada y sin defensa alguna; y otra en el 994, por Almanzor.
Fue reconquistada definitivamente en 1011. En documentos de esa época aparece con los nombres de Cluña, Crunnia, Crunna, Cruña, Curuña y el actual Coruña.