Es posible que el propio emplazamiento de la ciudad y el preponderante papel desempeñado en las guerras celtibéricas pudiera hacer pensar a los romanos en mantener un puesto fijo en el lugar, creándose así la Clunia romana.

Ptolomeo, en el siglo II, hace ya referencia  la condición de Colonia de Clunia. Así lo atestiguan también restos epigráficos del mismo siglo.

En el itinerario de Antonino Clunia aparece citada como un importante punto de la vía de Caesaraugusta a Asturica Augusta, la vía 27.

En la casa nº 1, junto al cardo, aparece un estrato profundo de tiempos de Tiberio. Hay acuñaciones imperiales con la efigie del emperador. Se trata de una serie de acuñación hispanorromana que atestigua la condición de "MUNICIPIUM" de la ciudad. La serie se compone de ases con la efigie imperial de Tiberio y la aparición de los "quattuor viri" de la ciudad; a su vez una serie de semises con los nombres de los "aediles", ambos cargos típicamente municipales.