Antes de 1915 el yacimiento sirvió como cantera para las construcciones de los pueblos cercanos. Ese año comenzaron las excavaciones sistemáticas, pero pronto se abandonaron al creer que se había agotado el yacimiento. Ello dio pie a una nueva fase de expolio.

En 1931 se declaró a Clunia Monumento Nacional y conoció, bajo la dirección del profesor Blas Taracena, el descubrimiento de varias viviendas nobles.

Con la Guerra Civil volvieron a interrumpirse las excavaciones, hasta que Pedro de Palol en 1958 se hizo cargo de las mismas.

En 1995 tomaron el relevo el arquitecto Miguel A. de la Iglesia y el arqueólogo Francisco Tuset, redactores del Plan Director de la Ciudad.